Początki szkolnictwa na terenie naszej miejscowości sięgają końca XVII w. Według wizytacji z 1700 roku przeprowadzonej przez Mateusza Dąbrowskiego z Kobyłki, od 1690 roku w Klembowie funkcjonowała szkółka parafialna. W 1830 roku gen. Franciszek Żymirski zorganizował tu szkółkę elementarną. Szkoła zbudowana z drewna mieściła się na Zamościu. Jak podaje "Słownik Geograficzny Królestwa Polskiego" w 1867 roku w gminie Klembów istniały trzy szkoły początkowe.
Obecny budynek został wzniesiony w 1927 roku. W czasie okupacji jak i po wojnie istniała w nim siedmioklasowa szkoła podstawowa. W latach 1964-1968 dobudowano skrzydło z czterema salami lekcyjnymi i kancelarią oraz przebudowano starą część. W maju 1975 r. placówce nadano imię Mariana Gotowca, miejscowego działacza ludowego, dowódcy Oddziału Specjalnego B. Ch. W wyniku kolejnej rozbudowy w latach dziewięćdziesiątych szkoła wzbogaciła się o nowe sale lekcyjne i nowoczesną salę gimnastyczną.W 1999 r. na skutek reformy oświatowej zorganizowano, obok istniejącej szkoły podstawowej, gimnazjum dla uczniów Klembowa i okolicznych miejscowości.